El programa de transferencia de embriones se realiza en Pacomarca desde el año 2008. Gracias a la colaboración recibida del COALAR (Concejo de Colaboración de Australia y America Latina) se recibió la capacitación profesional de los doctores Jane Vaughan y David Hopkins quienes realizan comercialmente en Australia la transferencia de embriones en Alpacas. Actualmente Pacomarca tiene un programa de aproximadamente 150 transferencias anuales lo que lo convierte en uno de los más extensos programas de transferencia de embriones en el mundo.

Los animales que participan en el programa de transferencia de embriones de Pacomarca son escogidos entre los de mayor valoración genética con el fin de acelerar la ganancia en el menor tiempo posible. Las hembras donadoras se “lavan” aproximadamente seis veces en cada temporada y se ha llegado a obtener hasta cuatro excelentes crías por cada animal en una sola temporada de empadre.