En Pacomarca, con más de diez años de información completa almacenada en el programa PACO PRO referida a 5,000 animales,  se realiza la Valoración Genética de todos sus animales siendo este el programa más avanzado de mejora genética cuantitativa en el mundo entero referida a Alpacas.

La valoración genética relaciona la genealogía de todos las alpacas con  los valores numéricos de las expresiones fenotípicas de cada Alpaca eliminando las variaciones que pudieran ser causadas por el medio ambiente, obteniendo finalmente un valor absoluto para cada alpaca. A más datos generacionales mayor seguridad en la predicción de las características que tendrán las generaciones venideras. El método utilizado es el BLUP (Mejor Predictor lineal insesgado).

En términos sencillos, la valoración genética consiste en recabar datos numéricos de las características por las que se desea seleccionar los animales, que no pueden ser muchas al mismo tiempo. En el caso de la Alpaca se trabaja mayormente con información relacionada a la fibra (finura, desviación estándar, porcentaje de cerda, coeficiente de variación). Se deben tener también records impecables sobre el parentesco de los animales. Con esta información se corre el programa BLUP que sistematiza la información de manera tal que elimina los factores medio ambientales y rescata los de tipo genético para llegar a dar un valor a cada animal. Este valor, cuyo porcentaje de veracidad dependerá de la cantidad y antigüedad de los datos con las que cuente el sistema, podrá predecir de manera bastante precisa, las características específicas que podrán ser heredadas de una generación a otra.

Un convenio con la Universidad Complutense de Madrid ha permitido que este proyecto se inicie el 2008, mejorando el proceso de selección de reproductores y haciendo que los empadres sean dirigidos con mayor exactitud y eficiencia acelerando la ganancia genética intergeneracional y acortando el tiempo que tomará llegar a la “ALPACA PACOMARCA”.