Desde hace aproximadamente veinticuatro años, PACOMARCA lleva adelante el más sofisticado y completo programa de mejora genética de alpaca que existe en el Perú. La Estación Científica Pacomarca mantiene anualmente alrededor de dos mil quinientas alpacas seleccionadas, de distintos tipos y colores. Cuenta con la más extensa y completa base de datos del mundo referida a la alpaca que es administrada bajo un programa especialmente diseñado llamado PacoPro cuya versión actual es la 5.7.

El programa de mejora genética se realiza contando con la asesoría del departamento de producción animal de la Universidad Complutense de Madrid, a cargo del Dr. Juan Pablo Gutiérrez García, experto internacional en la materia. Producto de esta colaboración se han publicado más de una veintena de papers científicos en algunas de las más prestigiosas revistas indexadas del mundo.

El programa genético de PACOMARCA realiza la selección de animales apoyada en la genética cuantitativa con aplicación de la metodología BLUP (la mejor predicción lineal insesgada). Actualmente un 81% de los animales de PACOMARCA tienen valoraciones genéticas deseables (son mejoradores de fibra).

Adicionalmente, PACOMARCA tiene un convenio de colaboración con la Universidad Nacional Agraria La Molina, la mas prestigiosa universidad peruana en las áreas de Veterinaria y Ciencias Animales, para la realización de investigaciones científicas en torno a la fibra de alpaca y la Empresa Rural Alianza EPS, la Empresa alpaquera más grande del mundo con una población de treinta y seis mil animales